上皇陛下のご論文
日本魚類学会（30編）
1. 明仁親王
On the scapula of gobiid fishes.
魚類学雑誌 11巻 1／2号：1-26頁（1963年12月15日発行）
（Japanese Journal of Ichthyology）
2. 明仁親王
Glossogobius biocellatus (Cuvier et Valenciennes) collected in Kyushu.
魚類学雑誌 12巻 1／2号：1-6頁（1964年8月31日発行）
3. 明仁親王
On the scientific name of a gobiid fish named "urohaze".
魚類学雑誌 13巻 4／6号：73-101頁（1966年7月31日発行）
4. 明仁親王
On four species of the gobiid fishes of the genus Eleotris found in Japan.
魚類学雑誌 14巻 4／6号：135-166頁（1967年12月31日発行）
5. 明仁親王
Additional research on the scapula of gobiid fishes.
魚類学雑誌 14巻 4／6号：167-182頁（1967年12月31日発行）
6. 明仁親王
A systematic examination of the gobiid fishes based on the mesopterygoid, postcleithra, branchiostegals, pelvic fins, scapula, and suborbital.
魚類学雑誌 16巻 3号：93-114頁（1969年12月20日発行）
7. 明仁親王
On the supratemporals of gobiid fishes.
魚類学雑誌 18巻 2号：57-64頁（1971年9月15日発行）
8. 明仁親王
On a specimen of "matsugehaze", Oxyurichthys ophthalmonema, collected in Kanagawa Prefecture, Japan.
魚類学雑誌 19巻 2号：103-110頁（1972年9月20日発行）
9. 明仁親王・目黒勝介
On gobiid fishes Ophiocara porocephala and Ophieleotris aporos.
魚類学雑誌 21巻 2号：72-84頁（1974年11月30日発行）
10. 明仁親王・目黒勝介
First record of Glossogobius celebius from Japan.
魚類学雑誌 21巻 4号：227-230頁（1975年3月15日発行）
11. 明仁親王・目黒勝介
On gobiid fish Cryptocentroides insignis from Okinawa Prefecture, Japan.
魚類学雑誌 21巻 4号：231-232頁（1975年3月15日発行）
12. 明仁親王・目黒勝介
On a goby Pseudogobius javanicus from Okinawa Prefecture, Japan.
魚類学雑誌 22巻 1号：46-48頁（1975年8月20日発行）
13. 明仁親王・目黒勝介
On a goby Redigobius bikolanus.
魚類学雑誌 22巻 1号：49-52頁（1975年8月20日発行）
14. Prince Akihito and Katsusuke Meguro
沖縄県とフィリピンで採集されたハゼの新種 Pandaka trimaculata ミツボシゴマハゼ
魚類学雑誌 22巻 2号：63-67頁（1975年12月15日発行）
15. 明仁親王・目黒勝介
On a goby Callogobius okinawae.
魚類学雑誌 22巻 2号：112-116頁（1975年12月15日発行）
16. Prince Akihito and Katsusuke Meguro
ハゼ科魚類の1新種 Glossogobius aureus とその近縁種に対する特徴
魚類学雑誌 22巻 3号：127-142頁（1975年12月29日発行）
17. Prince Akihito and Katsusuke Meguro
ベトナムから採集されたウロハゼ属の1新種 Glossogobius sparsipapillus.
魚類学雑誌 23巻 1号：9-11頁（1976年8月20日発行）
18. 明仁親王・目黒勝介
Five species of the genus Callogobius fonud in Japan and thier relationships.
魚類学雑誌 24巻 2号：113-127頁（1977年9月15日発行）
19. 明仁親王・目黒勝介
First record of the goby Mangarinus waterousi from Japan.
魚類学雑誌 24巻 3号：223-226頁（1977年12月15日発行）
20. 明仁親王・目黒勝介
First record of the goby Myersina macrostoma from Japan.
魚類学雑誌 24巻 4号：295-299頁（1978年2月15日発行）
21. 明仁親王・目黒勝介
On the differences between genera Sicydium and Sicyopterus(Gobiidae).
魚類学雑誌 26巻 2号：192-202頁（1979年9月15日発行）
22. 明仁親王・目黒勝介
On the six species of the genus Bathygobius found in Japan.
魚類学雑誌 27巻 3号：215-236頁（1980年11月30日発行）
23. 明仁親王・目黒勝介
A gobiid fish belonging to the genus Hetereleotris collected in Japan.
魚類学雑誌 28巻 3号：329-339頁（1981年11月30日発行）
24. Prince Akihito and Katsusuke Meguro
沖縄県で採集された新種 Myersina nigrivirgata クロオビハゼ
魚類学雑誌 29巻 4号：343-348頁（1983年3月10日発行）
25. Prince Akihito and Katsusuke Meguro
日本で採集されたシロクラハゼ属の2新種
魚類学雑誌 34巻 4号：409-420頁（1988年2月25日発行）
26. 明仁・坂本勝一
Reexamination of the status of the striped goby.
魚類学雑誌 36巻 1号：100-112頁（1989年6月28日発行）
27. Akihito and Katsusuke Meguro
日本で採取された1新種の記載を含むトサカハゼ属の再検討
Ichthyological Research Vol.47 No.3，pp.249-261.（2000年8月15日発行）
28. Akihito, Katsusuke Meguro, and Katsuichi Sakamoto
オーストラリアで採集されたハゼ科トサカハゼ属の1新種 Cristatogobius rubripectoralis
Ichthyological Research Vol.50 No.2，pp.117-122.（2003年5月23日発行）
29. 明仁・藍澤正宏・池田祐二・岸田宗範・林 公義・中山耕至・中坊徹次
Rhinogobius biwaensis (“Biwayoshinobori”) × Rhinogobius sp. BF (“Shimahireyoshinobori”) hybrids from the ponds of Sento Imperial Palace, Kyoto City, Japan.
論文概要
魚類学雑誌 66巻 1号：53-62頁（2019年4月25日発行）
30. Akihito and Yuji Ikeda
Descriptions of two new species of Callogobius (Gobiidae) found in Japan
日本から得られたオキナワハゼ属Callogobiusの2新種の記載
Ichthyological Research Vol.69 No.1, pp. 97–110.（2022年1月27日発行）
その他の学術雑誌等（ハゼ類4編）
1. Prince Akihito
ハゼ科魚類の系統に重要と考えられる幾つかの形態上の特徴
Proceedings of the Second International Conference on Indo-Pacific Fishes，pp.629-639.（1986年5月30日発行）
第2回太平洋・インド洋の魚類に関する国際研究会議にて口頭（英語）でご発表になり，後に同会議の会報でご報告。
2. Akihito, A.Iwata, T.Kobayashi, K.Ikeo, T.Imanishi, H.Ono, Y.Umehara, C.Hamamatsu, K.Sugiyama, Y.Ikeda, K.Sakamoto, Akishinonomiya Fumihito, S.Ohno and T.Gojobori
Evolutionary aspects of gobioid fishes based upon a phylogenetic analysis of mitochondrial cytochrome b genes.
ミトコンドリア・チトクロームb遺伝子の分子系統学的解析に基づくハゼ類の進化的考察
Gene. Vol.259(1-2), pp.5-15. （2000年12月23日発行）
3. Akihito, Akishinonomiya Fumihito, Y.Ikeda, M.Aizawa, Y.Makino, Y.Umehara, Y.Kai, Y.Nishimoto, M.Hasegawa, T.Nakabo and T.Gojobori
Evolution of Pacific Ocean and the Sea of Japan populations of the gobiid species, Pterogobius elapoides and Pterogobius zonoleucus, based on molecular and morphological analysis
DNA分子と形態の解析に基づくハゼ科魚類，キヌバリとチャガラの太平洋側および日本海側の地域集団の進化
Gene. Vol.427(1-2), pp.7-18. （2008年12月31日発行）
4. Akihito, Akishinonomiya Fumihito, Y.Ikeda, M.Aizawa, S.Nakagawa, Y.Umehara，T.Yonezawa, S.Mano, M.Hasegawa, T.Nakabo and T.Gojobori
Speciation of two gobioid species, Pterogobius elapoides and Pterogobius zonoleucus revealed by multi-locus nuclear and mitochondrial DNA analyses
ハゼ科魚類キヌバリとチャガラの核DNAとミトコンドリアDNAを用いた種分化の解析
Gene. Vol.576(2), pp.593-602. （2016年2月1日号）
その他の学術雑誌等（科学史1編）
1. Akihito
日本の科学を育てた人々
Science.Vol. 258, pp. 578-580. （1992年10月23日発行）
同誌における日本特集の編纂にあたって執筆依頼があり、寄稿されたもの。
日本語訳は、文藝春秋77巻10号（ 1999年10月1日発行）および朝日新聞出版編
「天皇陛下科学を語る」（2009年10月20日発行）に掲載あり。
国立科学博物館研究報告（2編）
1. 酒向貴子，川田伸一郎，手塚牧人，上杉哲郎，明仁
皇居におけるタヌキの食性とその季節変動
国立科学博物館研究報告A類（動物学）34巻2号
（Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Series A(Zoology),34(2)）（2008年6月23日発行）
2. 明仁，酒向貴子，手塚牧人，川田伸一郎
皇居におけるタヌキの果実採食の長期変動
国立科学博物館研究報告A類（動物学）42巻3号
（Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Series A(Zoology),42(3)）（2016年8月22日発行）