秋篠宮殿下は，平成2年6月29日，ご結婚に伴い，独立の生計を営まれることになり，秋篠宮の称号を今上陛下より賜りました。
殿下は妃殿下とご一緒に，新年祝賀の儀をはじめとする宮中の儀式および行事に参列されています。
また，両殿下は国内各地で開かれている各種の公的行事にご臨席になっています。おもなものとして，海フェスタ，全国高等学校馬術競技大会，全国高等学校総合文化祭，福岡アジア文化賞授賞式，国民体育大会，全国都市緑化祭，全国生涯学習フォーラムなどがあり，その折に当該地方事情を視察されています。
宮邸における公的なご活動として，両殿下は国内外の要人，様々な領域の専門家，外国よりの研修団などにお会いになっています。
近年における両殿下の公的な外国訪問としては，平成21年5月に「日本・ドナウ交流年2009」の機会にオーストリア，ブルガリア，ハンガリー及びルーマニアを，同年8月に日蘭通商400周年記念行事の開催にあたりオランダを，平成23年1月に日本・コスタリカ外交関係樹立75周年の機会にコスタリカを，それぞれご訪問になりました。
さまざまな公的なご活動をされる傍ら，殿下は家禽類についての研究をされています。おもなテーマは鶏の家禽化過程，すなわち人と鶏の共存化とその後に起こった品種化の要因についてです。平成8年9月には，鶏の起源と家禽化についての論文 "Molecular Phylogeny of Junglefowls, genus Gallus and Monophyletic Origin of Domestic Fowls（野鶏ガルス属の分子系統および家鶏の単系起源）"を国立総合研究大学院大学に提出して，理学博士の学位を取得されました。これまで，国内における調査のほか，平成5年および6年にインドネシアを，平成10年に妃殿下とともに中華人民共和国の雲南省を，平成13年にタイ，ラオスを，平成17年にタイを，そして，平成19年にマダガスカル，平成22年にラオスを眞子内親王殿下とともにそれぞれ訪問されました。
また，殿下は幾度となくタイへ魚類や家禽類の調査で訪問され，その成果をいくつかの学術論文として発表されました。それらのことから，タイにおける水産振興や家禽学への貢献に対し，平成7年9月に同国カセートサート大学から理学（水産生物学），ブーラパー大学から理学，平成11年7月にコーンケーン大学から理学（水産学），平成13年8月にシーナカリンウィロート大学とチュラーロンコーン大学から理学，平成15年8月にウボンラーチャタニー大学から理学（農学），平成19年3月にキングモンクット工科大学から理学（水産学），平成23年3月にカセートサート大学から理学（畜産学），チエンマイ大学から人文学（人間・環境管理学）の名誉博士号の贈呈をお受けになりました。
妃殿下は殿下とともに公的なご活動に携わられるほか，平成6年4月に秩父宮妃殿下より引き継がれた公益財団法人結核予防会の総裁として，結核予防全国大会の式典，結核予防関係婦人団体中央講習会，資金寄付者感謝状贈呈式，国際研修国家結核プログラム管理コース研修生との懇談会などにご臨席になっています。また，平成22年10月には，三笠宮妃殿下より社会福祉法人「恩賜財団母子愛育会」の総裁を引き継がれ，母子愛育会の施設を訪れ，母子愛育会の活動をご覧になられているほか，日本赤十字社名誉副総裁として日本赤十字地方大会にご臨席されるなど様々なご活動をされています。
妃殿下は，学生時代より聴覚障害者の大事なコミュニケーション手段である手話を，聴覚障害者への理解を深められるよう，引き続き学ばれています。毎年8月に開催される「全国高校生の手話によるスピーチコンテスト」，毎年12月に開催される「聴覚障害児を育てたお母さんをたたえる会」や，平成20年10月に開催された「第38回全国ろうあ婦人集会」にご臨席になり，さらにまた折にふれて関係者よりご進講をお受けになっています。また，公的なご活動の傍ら勉学をつづけられ，平成7年3月に心理学の分野で修士号を取得されました。平成19年からは出産・育児の後に研究活動を再開する研究者を支援する「日本学術振興会特別研究員 － RPD（Restarted Post Doctoral fellowship）による発表会」にもご臨席になるなど，女性研究者の支援を大切にお思いでいらっしゃいます。ご自身も保健・医療等の分野に関わるご研究をされ，平成21年2月には，日本学術振興会名誉特別研究員に就任されました。
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